射频电子水处理仪能产生频率变化的低压脉冲电场，作用于水系统管路上，使管道内水分子产生共振，把氢键缔合的水分子团变成单个的极性，改变了水的活化性，这些极微小的水分子可以渗透、包围、溶解、去除系统中的老垢，使水中的Ca2+、Mg2+和CO32- 互相碰撞，形成松软的特殊的文石晶体，由于这些晶体表面没有电荷，不再吸附在管壁上或设备上，从而达到除垢、防垢的目的。
自然界中水的物理性质在不同条件下是不一样的，当水的温度、硬度、粘度和PH值发生变化时，其分子团大小也不一样，所以其共振频率也各不相同。而变频电子除垢仪就是采用智能变频技术，产生一系列的不同频率的方波，其频率范围覆盖了全部水分子的共振频率，确保各种水分子都能发生共振，达到防垢、除垢的效果。
射频电子水处理仪在工作时产生微电子流，改变细菌、藻类细胞的生存环境使其丧失生存条件而死亡，从而具有杀菌灭藻缓蚀的作用。其一：地球上的生物一般只适应地区表面的电场强度（130V/m），该处理器改变电场强度，改变或影响细菌的生理代谢，如基因表达程序、酶活性等，最后导致细菌死亡。其二：细胞膜有许多对外联系的离子通道，离子通道的调节直接影响细胞的功能和生命。处理器产生的外电场破坏了细胞膜上的离子通道，改变了调节细胞功能的内控电流，影响细菌的生命。同时处理器形成强电场产生的高速运动的电子将细胞冲击致死，达到杀菌的目的。其三：电场处理水过程中，溶解氧得到活化，超氧阴离子自由基、羟基自由基、过氧化氢、单线态氧等活性氧。活性氧对微生物机体产生系列有害作用，造成有机体衰老，直至死亡。
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